蛋白分離器產生非常精細的氣泡， 作為中心過濾元素， 利用氣泡的表面張力來分離水中的蛋白質。
具體由循環泵、蛋白分離器主體、養殖池組成一個循環系統， 由射流泵、臭氧射流系統、蛋白分離器主體組成第二個循環。 由射流器從蛋白分離器底部注射氣泡到蛋白分離器主體， 主循環泵從蛋白分離器上部供水， 兩者逆向充分接觸， 氣泡上浮將蛋白及雜物帶入收集杯排出， 通過調節出水閥和調節閥而使排放口處生成反壓力的方式進行調整。 進氣和進水需設定到合適的流量。 出水閥和調節閥的調整與生物負載（及某些添加物如喂食等）合并在一起， 會影響泡沫水平。 如果泡沫水平被設置的過低， 則蛋白分離器就只能去除少量的水， 即使水非常臟。 處于這一臨界值以下的廢物水平仍然會存在于水中， 這樣調整的結果就是從蛋白分離器中獲得一種深色的濃縮的廢物萃取物。 如果水平被調的過高， 會導致分離器會去除大量的水， 而那些水中卻只含有相當少的被溶解的有機體。蛋白分離器能夠有效增強水中的氣體循環， 動物吸入氧氣呼出二氧化碳自然降低水中的PH值。 在分離器中， 會浮吹出大量二氧化碳氧氣會再次被引入從而使蛋白分離器主體中氣體保持平衡， 確保出水口的水會持續不斷地輕微氧飽和。
對蛋白分離器進行適當校調需要至少若干天的觀察和調整。 應當允許在調整之間存在至少半個小時的間隔， 讓水力進入平衡狀態。
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